Boeing 737-900 является самым длинным вариантом модели. Поскольку количество дверей в модели не изменилось по сравнению с Boeing 737-800, количество пассажиров ограничено 177-ю в 2-классной компоновке и 189-ю в экономическом варианте. Alaska Airlines стала первым заказчиком модификации 737-900 в 1997 году и получила первый самолёт 15 мая 2001 году.